肝细胞癌和肝囊肿，可以从以下方面鉴别：
在肝细胞癌在超声检查时，一般都表现低回声或者回声不均的实质性病灶。肝囊肿做超声检查时往往表现为液性回声，包膜完整、边界清楚、形态规整。在增强CT和MRI检查时，肝细胞癌表现为“快进快退”，肝囊肿不增强。因此，影像学上比较好鉴别。
肝细胞癌患者的甲胎蛋白显著增高；肝囊肿患者的甲胎蛋白正常。
肝细胞癌发展到一定程度时，会引起持续的肝区疼痛症状，伴有恶心、呕吐、黄疸、发热、体型消瘦等症状；肝囊肿一般没有表现，或者出现肝区轻微胀痛感。
此外，肝癌患者往往有乙肝感染和肝硬化病史，肝囊肿患者一般没有。
