胃底间质瘤一般不严重，它是胃间质细胞起源的一类少见交界性肿瘤，以良性居多。治愈率主要取决于肿瘤的良恶性及大小，临床上判断间质瘤良恶性方法可通过术前内镜超声或选择性血管造影及术后的肿瘤病理结果。需要注意的是不能行术前胃镜病理活检，以防癌症扩散，部分可以选择内镜细针抽吸活检。
一般的良性胃底间质瘤，没有淋巴转移，手术行全层胃大部分切除术是最好的治疗方法，可以达到根治效果，复发机率低，一般是不严重的，但仍需定期复查胃镜。
如果是恶性的胃底间质瘤，已经发生淋巴转移，则预后极差，是比较严重的，由于胃间质瘤对放化疗不敏感，可考虑分子肿瘤药物等治疗，解决出现的并发症等问题。
