肠瘘的危害包括化学性腹膜炎、感染性休克等，严重的会危及患者的生命。
肠道内的肠液属于碱性液体，发生肠瘘时，首先就会造成化学性的腹膜炎，迅速损伤腹腔内的组织，如果控制不及时，会发展为感染性休克，甚至危及到患者生命，这也是肠瘘最严重的危害。
肠瘘还会出现粪便从尿道、女性阴道流出的情况，称为内瘘，也有一部分患者通过刀口或伤口形成腹壁瘘口，称为外漏。由于肠液有自我消化的功能，会使瘘口组织出现红肿，经久不愈。
此外，肠瘘还会导致大量营养物质流失，患者身体状况非常差，抵抗力低下，随之会引起全身各系统疾病。
