胃食管反流病之所以易被误诊，与反流位置和反流性质的不同以及引起的临床症状有关。
- 如果胃酸反流到食管内，刺激食管黏膜会出现烧心、反酸、胸痛等症状，一般很少被误诊；
- 如果反流物反流到咽喉会刺激咽喉部黏膜，引起咽喉疼痛、声音嘶哑等症状，易被误诊为咽喉炎；
- 如果反流物进入口腔，会引起口腔溃疡、牙龈炎或龋齿等，易误诊为口腔疾病；
- 如果反流物进入气管，就会引起呼吸困难、咳嗽、气短、胸闷等症状，易被误诊为呼吸道疾病。
另外，合并胆汁反流的患者反流物多为弱酸或非酸反流，这种反流因刺激强度不够，食管并未感知到反流刺激，但是咽喉、鼻、口腔、气管比较敏感，就会出现反应，同时，这些反流也会通过食管下段的神经反射引起食管外症状，更易被误诊。
