在患者长期反复出现反流性食管炎时，可能会导致局部发生癌变，但只要积极治疗，治愈食管炎后，发生癌变的概率并不是很大。
反流性食管炎属于良性病变，在及时进行治疗，加强日常生活饮食等方面调理，可能会控制住病情的进展，一般预后良好。如果病情没有及时治疗就可能反复发作，少数患者可能会发生癌变。
在患者出现反流性食管炎时，可根据病情在医生指导下，使用雷贝拉唑、伏诺拉生、铝碳酸镁、西尼必利等药物进行治疗。若药物治疗无效或者有效但无法停药时可根据病情选择内镜或腹腔镜抗反流手术治疗。
