桥本甲状腺炎患者需要做甲状腺功能、甲状腺自身抗体和甲状腺超声的检查，甲状腺功能包括甲状腺激素（T4）、三碘甲状腺原氨酸（T3）和促甲状腺激素（TSH），在妊娠期间还应当查游离T4和游离T3。
甲状腺自身抗体主要查甲状腺球蛋白抗体和甲状腺过氧化物酶抗体，这两个抗体为桥本甲状腺炎特征性抗体。甲状腺超声检查常常显示甲状腺肿大,弥漫性回声不均。桥本甲状腺炎患者需要定期做上述检查。
如果甲功检查发现T3和T4低，TSH高，提示甲状腺功能减退，需要给与甲状腺激素替代治疗。如果甲功检查发现T3和T4高，TSH水平下降，需要进一步做甲状腺吸碘率检查看是甲状腺炎导致的一过性甲状腺毒症，还是甲状腺功能亢进。如果是一过性甲状腺毒症可以不用特殊处理，如果桥本甲状腺炎合并甲亢需要给与抗甲亢药物治疗。
