自身免疫性脑炎的预后受多方面因素的影响有可能很好，也有可能不好。
虽然自身免疫性脑炎比较难治，但是通过规范治疗能够使患者的致残率和致死率有明显的好转。影响自身免疫性脑炎预后的因素包括很多，比如年龄、基础病状况、平时服用的药物、心情生活习惯等多种因素都有可能会影响到自身的免疫力，从而使自身免疫性脑炎迁延不愈甚至逐渐加重，这种情况就有可能会使症状加重，进而后遗症难以纠正。
如果患者的体质比较好而且比较年轻，没有其他的基础病，就有可能经过规范和及时的治疗，之后不遗留任何后遗症并且不再复发。
