三叉神经痛微血管减压手术是有一定手术风险的，手术操作较为精细，手术相对比较成熟，但可能会出现麻醉意外，有可能会出现血管神经损伤、头皮感染的手术风险。
微血管减压手术是开颅手术，手术风险相对较大，任何手术都有风险，微创手术本质上有创，只是相对开放手术来说的，手术更加精细，创伤更小，手术效果更好，风险更小，但不能说该手术绝对没有风险。
三叉神经痛微血管减压术的风险主要存在于挑起大的血管压迫神经离开原来位置，滋养血管被拉直时，神经血供可能会受影响，供血若影响到脑干时，可能造成较严重的并发症，虽然并发症的发生几率很小，但还是有这种可能性的。
