输尿管结石一般都是来源于肾结石，而结石具体的成因是非常复杂的，临床并不清楚。
我们将它分为了外界因素，像自然环境、天气等；个体因素，像是否有泌尿系统的梗阻、感染，还有是否合并其他代谢性疾病等，以及个人的饮食习惯、饮食的喜好等，通过这三者的共同作用，它会影响到尿液中的成石因素，会导致尿液中成石因素增强，而抑制因素减弱，引起尿液中有形成分的析出，形成结晶。
这种结晶进一步的发展，矿物质盐在其上附着会引起结石的发生，结石主要的成分就是结晶体，而3%是基质。通常根据这种结晶体的不同，将结石分为含钙的结石、尿酸结石、胱氨酸结石以及感染性结石。
