自身免疫性肝炎有一定的遗传风险，从调查研究资料证实有家庭发病聚集性，可能与遗传基因有关。
遗传学研究表明，自身免疫性肝炎的易感性可能与人类白细胞抗原区域的多态性有关，其编码主要组织相容性复合体。在自身免疫性肝炎中进行的最大的全基因组关联研究证实，人类白细胞抗原区域编码基因与自身免疫性肝炎显著易感性相关。
在欧洲和北美，成人对自身免疫性肝炎易感性是由人类白细胞抗原-DR3和人类白细胞抗原-DR4基因型决定的。在模体LLEQ-R中位于71位的两个基本氨基酸，赖氨酸和精氨酸可能是AIH易感性的关键。
