慢性结肠炎有可能会出现一些严重的并发症，比如出现大量难以控制的出血，中毒性巨结肠，肠道穿孔，肠道狭窄，也有可能会引起梗阻。
另外患者因为有慢性结肠炎有可能会反复发作，慢性症状持续导致营养不良，严重的贫血，低蛋白血症，儿童的生长发育可能会受影响，再就是有些严重的结肠炎可能会出现关节炎，坏疽性脓皮病或者肝胆疾病等。
针对慢性结肠炎的治疗，一般情况下需要卧床休息，以及全身支持治疗。要针对病因进行治疗，对症治疗就是解除胃肠道痉挛、止泻药物、调节肠道菌群失调的药物。
