肛瘘的形成大多数情况下是由于患者存在肛周脓肿，没有得到及时的治疗后脓肿发生破溃，从而形成了肛瘘。
肛瘘具体形成的过程，是患者的肛门瓣和肛隐窝出现了感染，随着炎症逐渐扩散到肛门和直肠周围，导致肛门直肠出现脓肿，也就是肛周脓肿。
如果患者没有及时治疗，导致脓肿破溃，或者是经过切开引流治疗后局部脓腔处没有愈合，脓腔壁处的结缔组织逐渐增生形成瘘道，再加上直肠内的污染物不停进入，局部的细菌大量繁殖，不断发生感染，久而久之就形成了肛瘘。
