胃食管反流导致的吞咽疼痛的治疗主要是积极治疗原发病，具体如下：
吞咽疼痛是反流的酸性物质长期对食管、咽部进行刺激，导致食管、咽部的炎症、溃疡。如果反流不消除，食管和咽部的黏膜损伤就不会停止。且进食时食物对已经受损的食管和咽部也是一种刺激，会加重溃疡和炎症，所以一定要按专业医师指导规范治疗胃食管反流病，规律服用抗酸药物，改善饮食方式，保守治疗无效可考虑手术治疗。
患者也可以辅以促胃动力药物、保护黏膜的药物，补充维生素以及应用对症的喷雾、溃疡的贴剂进行治疗。
