引起卵巢囊肿的原因尚不清楚，目前（2021年10月）认为多由遗传、环境、慢性疾病等因素相互作用引起，也有可能和内分泌紊乱、饮食结构失衡等因素有关。
如果患者平时过度挑食，引起体内的A、C、E等维生素严重缺乏，会诱发卵巢囊肿，而过于肥胖的女性，由于体内脂肪过多，也会诱发卵巢囊肿。
另外，女性患有妇科疾病，通过手术治疗以后，会引起卵巢的供血出现障碍，导致卵泡过度生长，形成卵巢囊肿。如果手术后卵巢与周边的组织出现粘连，也会影响到卵泡的排出，形成卵巢囊肿。
