肝门部胆管癌需要和容易引起胆道梗阻的其他疾病鉴别。
良性疾病中的原发性硬化性胆管炎、胆汁淤积性肝病，会出现黄疸，但胆管癌引起的胆管狭窄，往往局限在胆道的某一部分，同时伴有CA199的明显升高，通过影像学检查和组织活检可以确诊。
肝门部的炎性狭窄或良性肿瘤，特别是合并胆囊炎患者，需要和肝门部胆管癌鉴别。
胆囊癌可侵犯胆管引起黄疸，容易与肝门部胆管癌混淆，即使通过影像学检查也难以完全区分。
此外，引起胆道梗阻的其他恶性肿瘤，如胰头癌、十二指肠壶腹癌、以及其他恶性肿瘤转移至胆管等，都需要进行鉴别诊断。
