肛瘘按照病变程度可分为低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘、高位单纯性肛瘘、高位复杂性肛瘘几种类型。而根据肛瘘的病源，分为化脓性肛瘘和结核性肛瘘。
肛瘘还可依据瘘管与肛门直肠间隙关系，分类为皮下或黏膜下肛瘘、内外括约肌间肛瘘、肛提肌下肛瘘、肛提肌上肛瘘几种类型。
当患者确诊为肛瘘后，需要做肛门部B超或肛门MRI，精准判断肛瘘类型，制定手术方案，尽量减少对肛门括约肌群的损伤。
肛瘘手术方式较多，酌情行瘘管切开术、肛瘘切除术、挂线疗法、保留括约肌的肛瘘切断术，肛瘘塞填塞术等。手术治疗后，还需要定期检查，换药，扩肛，避免假愈合，降低肛瘘复发率。
