小儿甲状腺疾病的病因有遗传、环境以及其他部位疾病等，大部分是综合因素导致。
- 小儿甲状腺疾病最常见的原因是遗传因素，尤其是胎儿时期受到遗传影响，从而导致甲状腺组织发育不良或者是缺损等，容易导致甲状腺功能减退症发生。
- 其次，小儿甲状腺疾病与环境有很大的关系，尤其是接触有毒有害物质或者是受到放射性物质刺激、缺碘时，可能导致甲状腺功能发生异常或者是甲状腺发生异常增生等，从而出现甲状腺功能减退或者是甲亢的情况，甚至出现甲状腺结节改变。
- 再次，考虑其他疾病的可能，尤其是甲状旁腺或者是下丘脑、垂体等部位的疾病。
