肥胖症分为原发性肥胖和继发性肥胖两大类。虽然肥胖常被描述为一种“内分泌”疾病，但有显著内分泌功能障碍的却不到1%。这类排除了明显神经疾病、内分泌系统病变及遗传性疾病的肥胖症被定义为原发性肥胖，又称单纯性肥胖。
以某种疾病为原发病的症状性肥胖。临床上少见或罕见，仅占肥胖患者中的1％以下，称为继发性肥胖。这些疾病都很少见或罕见，如下丘脑疾病，垂体和肾上腺功能障碍，甲状腺疾病，生长激素缺乏症等。
有部分群体的肥胖和药物有关，主要是一些精神类药物和激素。
还有极为罕见的情况，即基因缺陷导致的肥胖。
