肾结石手术主要可分为开放性手术、微创手术，还有体外冲击波碎石术。开放性手术应用较少，需要将肾脏相应部位切开后再进行取石，也可以在腹腔镜下进行手术治疗。
而微创手术又分为由尿道进入输尿管的输尿管镜手术，以及经过皮肤上的切口进入到肾盂的经皮肾镜取石治疗，此类方法应用较为广泛，且创伤性较小，适用于绝大部分肾结石的患者。
而体外冲击波治疗一般适合结石直径较小的患者，由于其净石率低于微创手术，一般建议患者术后要多饮用水，以促进残渣排出。
