胃肠间质瘤大部分都是良性的肿瘤。
由于胃肠间叶组织生长相对活跃，所以容易受到外界各种刺激的影响，在外界刺激的影响下，间叶组织细胞发生突变，从而形成胃肠间质瘤。
胃肠间质瘤根据临床经验，大部分属于良性肿瘤，临床上可以根据术后病理组织化验来进一步确定，如果检查发现病理组织内没有恶性肿瘤细胞，就可以考虑是良性肿瘤，如果检查发现恶性肿瘤细胞就考虑是恶性胃肠间质瘤，但是这部分胃肠间质瘤属于少部分的。
当检查发现胃肠间质瘤后需要给予观察、手术或者药物治疗，治疗期间需要定期复查腹部彩超，来观察间质瘤的变化情况。
