在临床上，慢性胃炎主要是通过胃镜检查和胃黏膜活检来进行鉴别诊断。
胃镜检查可以清楚、直观地看到胃黏膜的颜色以及胃黏膜的炎性变化的程度、范围，以及是否存在糜烂、溃疡、息肉等病变，从而鉴别诊断慢性胃炎。胃黏膜活检可以明确判断患者会否存在癌变的可能。
浅表性胃炎多以胃窦部多见，病变处黏膜呈花斑状或红白相间。萎缩性胃炎的患者胃黏膜呈灰白色或苍白色，也有可能出现红白相间，黏膜粗糙，呈绒毛状，胃黏膜皱襞变平坦，可以清楚地看到黏膜下血管。
