小儿肝炎再生障碍性贫血综合征是相对比较难治疗的，在治疗再生障碍性贫血时首先清除肝炎病毒。
肝炎相关的再生障碍性贫血是由于肝炎病毒感染后并发的血液系统疾病，其临床表现和一般的再生障碍性贫血一样，如贫血、出血、感染等。
由于患者感染了肝炎病毒后免疫力低下，骨髓造血干细胞生成细胞的能力下降，故首要的治疗是清除肝炎病毒，治疗原发病。其次，治疗再障，可使用免疫抑制药物、改善骨髓微循环的药物，严重的再障患者可以进行异基因造血干细胞移植。
