胃肠间质瘤的诊断主要是依靠影像学检查和内镜检查。与其他癌症的诊断有较大区别在于胃肠道间质瘤的诊断主要依赖影像学，而其他癌症是需要进行活检明确。
胃间质瘤，基本来自于胃黏膜下，黏膜表面一般光滑隆起，少部分会有黏膜溃疡，边界比较清楚。超声胃镜可以更明确了解病变位于胃壁的层次。CT的检查可以了解间质瘤有没有向外生长，和周围的一些关系，可以做出疾病的分期。胃癌都是来自胃黏膜的癌变，界限一般不清，需要活检明确。
小肠间质瘤主要依靠CT诊断，CT表现腹盆腔圆形或者类圆形占位，边界多数清晰。
术后病理检查才可以最终明确具体性质，以及危险度分级。
