肺栓塞的鉴别主要采用CT、肺动脉造影、血流灌注显影以及磁共振肺动脉造影等多种检查方法与其他疾病进行鉴别。
如果通过上述的检查方法，发现有肺动脉栓塞，血流受阻，就可以诊断为肺栓塞。需要和肺栓塞进行鉴别的疾病就是类似于肺栓塞的病变，比如肺炎、气胸、心肌梗死、急性心衰等。
因为肺栓塞的主要症状就是胸痛、咳嗽、咳血等，所以有这些症状的疾病都要和肺栓塞进行诊断鉴别。肺炎、支气管扩张等容易导致咳嗽、咳痰、咯血，而心脏病严重的心功能不全同样会导致胸痛、呼吸困难等症状。
只要通过肺动脉的造影明确诊断，就可以和上述这些疾病相鉴别的。
