脊髓空洞症的病因主要分为5类。
第1类是先天性发育异常，多由颅颈交界部位发育异常，如颅底凹陷、小脑扁桃体下疝畸形等引起。此外，像脊髓纵裂畸形、脊髓栓系等也可引起。
第2类是脊髓损伤，由于局部出血、坏死形成脊髓实质内空洞；或因损伤后脑脊液循环障碍、瘢痕组织粘连等诱发脊髓空洞。
第3类是肿瘤和占位性疾病，如髓内肿瘤可直接影响脊髓中央管的脑脊液循环；其他占位性病变也可因占位效应或分泌蛋白使脑脊液蛋白含量增高、影响脑脊液流动而诱发脊髓空洞。
第4类是椎管内出血或炎性病变，引起脊髓蛛网膜炎，诱发脊髓空洞。
第5类是特发性脊髓空洞，指病因尚不明确的脊髓空洞症。
