胰头囊肿只有通过手术才能彻底去除。胰腺囊性疾病多数属于良性，体积较小时症状比较轻微，甚至多数都没有症状，这种情况下一般不需要治疗。但体积较大的囊性肿物需要鉴别单纯囊肿和囊腺瘤，囊腺瘤有一定几率发生癌变，所以有些体积较大的囊性肿物仍然需要考虑手术切除。
传统的手术方式是胰十二指肠切除术，但由于这种手术方式切除范围涉及多个器官，对身体的创伤非常大，所以应慎重决定。
随着手术技术的提高，保留十二指肠的胰头切除手术，正在逐渐推广。这种手术方式，只切除胰头部病变，对身体损伤明显减少，但对手术技术要求非常高，需要找经验丰富的肝胆胰外科专家才能完成。
