引起小儿慢性咳嗽的原因较多，可能是某些疾病而导致，比如咳嗽变异性哮喘、上气道咳嗽综合征、呼吸道感染、胃食管反流等。但也可能是其他原因而引起，比如先天性呼吸道畸形、心因性咳嗽或者异物吸入等。先天性呼吸道的疾病多见于婴幼儿，尤其在1岁之内。异物吸入多见于1-3岁的儿童。
咳嗽变异性哮喘大约占慢性咳嗽41.95%，上气道咳嗽综合征大约占24.71%，呼吸道感染和感染后的咳嗽大约占21.72%，胃食管反流引起小儿慢性咳嗽的大约占0.62%。
