宝宝消化不良的原因主要是饮食不当以及肠道功能紊乱、肠道菌群失调，甚至是肠道感染等。
宝宝消化不良最常见的原因是饮食不当，建议及时纠正，减少油腻食物以及甜食的摄入，避免暴饮暴食，以少量多餐为主。其次，宝宝消化不良主要是肠道功能紊乱所致，尤其见于身体不适时，以受凉感冒等疾病最常见。再次，考虑肠道菌群紊乱的可能性比较大，多与长期口服抗生素或者口服免疫抑制剂、糖皮质激素等药物有关。再次，还考虑肠道感染的可能，尤其是病毒、细菌感染，一般会有大便次数增多、发热等症状。
