大部分皮脂腺囊肿手术后都会留疤。皮脂腺囊肿手术主要是通过切开病变部位的皮肤，来清除囊内容物的一种治疗手段。由于手术切开时，已经机械性的破坏了皮肤的完整性，所以很容易在术后留疤。对于对皮肤外观有要求者，可以选择整形外科手术，来最大程度上减轻疤痕的严重程度。也可以在术后一段时间后，通过淡化疤痕的治疗，来去除疤痕。另外，病情的严重程度也会影响术后疤痕出现的机率。对于皮脂腺囊肿伴发严重感染者或术后引流不畅者，均有可能会出现明显的疤痕。
