肥胖都与内分泌有关，最常见的是单纯性肥胖，部分患者是继发性肥胖，也就是某些内分泌疾病导致的肥胖，所以内分泌肥胖这个定义并不准确。如果是继发于内分泌疾病导致的肥胖，如库欣综合征、多囊卵巢综合征、甲减，甚至部分遗传性疾病普拉德-威利综合征，这时要治疗原发病：多囊卵巢综合征改善胰岛素抵抗，甲减补充甲状腺素等。当然，这些疾病也要配合生活方式调整。
而单纯性肥胖，最关键的治疗就是改善生活方式，第一饮食控制，主要是限制能量的摄入，日常饮食以低糖、低脂肪、优质蛋白为主，可以选择体积较大但是能量较低的食物，如蔬菜。第二增加体育运动，主要是增加能量消耗，可以根据自身的情况制定运动计划，以有氧运动为主，配合少量无氧运动。
如果上述治疗无效，可以在医生的指导下使用减肥药物，目前国内减肥药只有脂肪酶抑制剂。如果通过以上方法效果不理想，也可以采取减重手术。
