肾盂癌的预后与手术方式、肿瘤分期、分级、淋巴转移和血管浸润等因素有关。其中，肿瘤细胞的分化程度和浸润深度是主要因素。早期肾盂癌通过根治性手术，多数患者五年生存率可达60%以上；中晚期患者可通过减瘤手术，缓解血尿和压迫症状，手术后结合放化疗、免疫治疗等辅助治疗手段改善预后。对于T3-T4期的肾盂癌患者，手术治疗后五年生存率有20%-30%左右。
手术后应定期随访，行膀胱镜检查，每3个月1次，连续2年以上，有利于早期发现肾盂癌术后再发膀胱癌的可能。因此，应重视肾盂癌的早期发现、早期诊断、早期治疗，且术后定期随访。
