先天性胆总管囊肿手术后是否会复发，主要取决于选择的手术。第一、如果选择的是胆总管囊肿根治性手术，一般手术后不会复发，根治性手术需要将囊肿切除，之后做胆肠吻合术。第二、如果选择的是囊肿内引流术，术后有可能会存在复发。囊肿内引流术主要解决胆道梗阻，但是并没有对病变的胆囊壁做切除。第二种术式由于其不合理性，目前已经被淘汰。先天性胆总管囊肿的发病原因较为复杂，可能和先天性胆管发育缺陷有关，由于原发性胆总管壁薄弱或者胆管远端梗阻所导致。其次，神经分布异常也可引起先天性胆总管囊肿。
