多发性肝囊肿的治疗主要看囊肿的大小和有无症状。通常情况下，大多数肝囊肿都比较小，虽然是多发的，但对患者没有任何影响，可以不需行任何治疗，定期观察和随访即可，而少数病人如果囊肿体积较大，同时还出现相应的压迫症状，如有些病人有腹胀不适，或者囊肿位置表浅，有破裂的风险，则可考虑手术治疗，手术一般行腹腔镜下肝囊肿去顶减压术，而且手术一般只处理较大的风险较高的囊肿，对于一些小的囊肿可能不一定全部处理。最后，术后还需定期复查，因为一些小的囊肿术后也有可能会长大。
