肾结石的确诊，需要完善相关的检查，如尿常规、超声、CT的检查明确诊断。尿常规可以排除有无血尿，泌尿系统彩超是确认肾结石最简单、实用的一个方法，如果肾结石发生积水、出血、感染，则比较容易显示。肾脏CT可发现肾结石，也可发现其他病变。
在医生为患者制定治疗方案时，可能还需做一些详细的检查，了解有无尿道狭窄，或输尿管、膀胱有无病变，如有病变会不利于结石的治疗，患者可能需要进行膀胱镜或者是输尿管镜的检查，更进一步地了解结石的位置、大小、性质等。
