胃肠间质瘤病人可根据病情选择开放手术、腹腔镜手术、胃肠内镜下切除术等几种手术方式。
1.腹腔镜手术：适合小间质瘤，优点是创伤小、病情恢复很快。另外，可以用内镜帮助找到肿瘤部位，通过内镜、腹腔镜联合的方式，减少出血等并发症发生的几率，提高手术的疗效。
2.开放手术：对于大多数的胃肠间质瘤、腹腔镜下难以实施手术的病人来说，多需要采用开放手术切除肿瘤，一般对病人的创伤较大，且病人的恢复也较慢。
3.胃镜内镜下切除术：可以减少病灶周围组织的损伤，维持正常结构和解剖位置，但是很容易造成灌注道穿孔，造成肿瘤播散，所以临床上并不推荐。
