先天性胆总管囊肿进行手术治疗时，由于要切除胆囊及胆总管囊肿，并裁剪小肠进行吻合，若是无法适应新的消化道结构会引起长期便秘，此时患者就需要调整饮食，养成定期大便的习惯，以纠正便秘。建议患者日常多食用粗纤维食物以促进肠道蠕动，培养孩子定时排便的习惯。若是通过生活干预后，便秘仍无法纠正，则需要在医生的指导下选择使用通便药物进行治疗。日常还要注意保持良好的心态，积极进行运动锻炼，避免食用辛辣刺激性的食物，以免加重便秘症状。
