做无痛肠镜检查是在静脉麻醉下进行，患者没有难受的感觉。但是做普通肠镜检查会有一定程度的不适，因为肠镜检查过程中大量往肠腔注气，可能会出现腹胀或者胀痛的症状，患者可能出现便意感觉，通过检查医生适当吸出肠腔内气体能有效缓解。
因为肠镜在肠腔内进出可能会诱发肠痉挛，表现为腹部绞痛，通过检查医生及时调整手法或者患者协助变换体位，可以缓解症状。不过肠镜检查过程中的这种难受大部分是可以耐受的，一般肠镜检查完后腹胀不适的感觉会消失。患者可以深呼吸放松腹部来改善症状。另外，肠镜检查前肠道准备不干净，也会造成检查过程中的不适。
