胃间质瘤一般根据肿瘤危险度来决定是否需要进行手术治疗。通常肿瘤小于1cm，核分裂数小于5，属于极低风险组，不需要手术治疗，定期复查；若肿瘤在短时间内快速增长，则需要手术治疗。若肿瘤大于2cm，核分裂数小于5，一般建议手术治疗，完全切除病变组织，减少复发率；若核分裂数大于5，一般属于中风险组或以上组别，在进行手术治疗的同时，一般还建议加用靶向药物治疗，如酪氨酸酶抑制剂。在手术过程中应该尽量避免瘤体破裂，通常不需要进行淋巴结清扫，因为胃间质瘤很少发生淋巴结转移。
