临床上将头痛分为原发性头痛和继发性头痛两类。原发性头痛的患者，确切的病因尚不明确；继发性头痛的患者一般有明确的病因。引起原发性头痛主要的疾病包括丛集性头痛、偏头痛、三叉神经性痛、紧张性头痛等；继发性头痛常见的疾病，包括颅脑外伤、中枢神经系统感染（包括脑炎和脑膜炎）、脑血管疾病（主要包括脑出血和蛛网膜下腔出血），另外也可见于某些脑梗死的患者。
头面部的炎症也可能会引起头痛，常见的疾病有中耳炎、牙龈炎。颈椎病的患者也可能会出现头痛，称为颈源性头痛：主要是由于颈椎病容易引起颈部肌肉收缩，可以牵拉头皮神经、血管而引起患者头痛。也可以是颈椎病直接刺激支配头部的神经出现头痛；如果患者有高血压史，也可引起头痛、头晕、恶心、呕吐等。
