泌尿系衣原体感染不属于特别难治疗的疾病，但是病症治疗的疗程较长，因此，治疗前应前往医院做药敏试验检查，选用敏感抗生素联合治疗效果较好，治疗结束后3~4周需到医院复查，观察病原体是否已经消除。如果衣原体不能彻底治愈，男性可能会出现前列腺炎、急性附睾炎，女性则容易出现盆腔炎、子宫内膜炎，这时治疗较为困难，容易复发，疗程较长。治疗期间还要做好日常的护理工作，短时间内不可以有性生活，预防交叉感染。饮食上要多补充营养价值高的食物，增强自身的免疫力。
