先兆流产的原因有胚胎因素、父母因素以及环境因素等。如果在怀孕时胚胎或胎儿染色体异常、母体本身有疾病，例如贫血、心力衰竭、慢性消耗性疾病等，也可导致先兆流产。而女性本身有子宫发育异常，像双子宫、子宫肌瘤、子宫腔粘连等，对胚胎着床也会有明显影响。如果女性在怀孕期间受到外部的感染，例如单纯疱疹病毒感染、弓形虫感染、沙眼衣原体感染，或者父亲的精子染色体异常等，均可引起先兆流产。另外，经常接触甲醛、苯、放射性化学物质等，也可让先兆流产的发生率增高。
