甲减的治疗通常是在医生指导下使用甲状腺激素替代治疗以恢复足够的激素水平，目标是甲减的症状和体征消失，TSH、TT4、FT4值维持在正常范围。
甲状腺素类药物是本病的主要替代治疗药物，一般需要终身替代。此类药物具有疗效可靠、不良反应小、肠道吸收好、治疗成本低等优点。治疗剂量取决于患者的甲状腺功能情况，心脏功能情况、年龄、体重等因素，要求个体化治疗。对于年轻无心脏基础疾病的患者，可以尽快达到完全替代治疗。对于年龄较大的患者，可以根据心脏功能情况，从小剂量起始治疗，每2周左右复查一次甲功，根据甲功情况逐步增加药物剂量，直至达到治疗目标。
患缺血性心脏病者起始剂量宜小，调整剂量宜慢，防止诱发和加重心脏病。
