完全性心内膜垫缺损确诊后可以通过手术治疗，一般是争取在婴儿时期完成手术，主张行一期手术矫正。如果新生儿合并有心衰或者肺部感染，依赖人工呼吸、全身的状况较差，难以承受体外循环或者心脏阻断，可以先进行肺动脉环缩术，控制心律分流或者肺动脉高压。等全身的症状缓解之后，再进行二期手术。此外，对于完全性房室通道合并其他复杂的心脏畸形者，例如右室双出口、四联征。手术方式分别为姑息手术和矫治手术，具体选择哪种，要根据实际情况判断。
