房间隔缺损通常是由房间隔先天性发育不全所导致，但具体的发病原因目前尚不是特别明确。可能是遗传、环境因素以及其他因素相互作用所致。在胎儿心脏发育的阶段，任何不利的因素均有可能会影响心脏发育，从而导致心脏某一部位发育停顿或发育异常，好发于有宫内感染者。房间隔缺损的情况不同，所采取的治疗方法也会有所差异。如果房间隔缺损比较小，并未引起临床症状时，通常无需进行特殊的治疗。可听从医生指导，定期到医院随访。如果缺损的面积比较大，出现相应的临床症状，则建议尽早采取手术治疗。
