肚子总是隐隐作痛原因有很多，最常见的是一些胃肠道的疾病，另外还可能是一些其他的疾病。如果肚子总是隐隐作痛，而且是上腹部疼痛，最常见的是慢性胃炎，可以去医院进行胃镜的检查，明确诊断。如果是慢性胃炎导致的，还可能是出现了幽门螺杆菌的感染，需要进行呼气实验来明确，如果有幽门螺杆菌的感染，需要积极进行治疗。另外肚子总是隐隐作痛，还可能是出现了阑尾炎、肠梗阻或者是溃疡性结肠炎等情况，可以进行腹部超声和肠镜等检查来明确。如果女性出现肚子总是隐隐作痛，还可能是妇科炎症导致的。
