子宫内膜异位症有可能会导致不孕症，一般不孕的几率高达40%~50%。引起不孕的原因比较复杂，可能是盆腔微环境改变，影响精卵结合及运送导致。在免疫功能异常时，抗子宫内膜抗体增加，而破坏子宫内膜正常代谢或者生理功能；卵巢功能异常时，就有可能导致排卵障碍或者黄体功能不良等。另外，未破裂卵泡黄素化综合征在子宫内膜异位症的病人中，具有较高的发病率，对于中、重度的病人，因为卵巢输卵管周围粘连，就可能会影响受精卵运输。
