卵巢巧克力囊肿的治疗方法主要如下：
一、药物治疗。适用于有慢性盆腔痛、经期痛经症状明显、有生育要求及无卵巢囊肿形成的患者。
1.非甾体抗炎药。病人出现疼痛症状时，可以在医生指导下使用非甾体抗炎药物，此类药物也属于止痛药，能缓解病人所出现的疼痛感。
2.激素类药物。主要包括孕激素类药或者短效口服避孕药等。
二、手术治疗。适用于药物治疗后症状不缓解、局部病变加剧或生育功能未恢复、较大的卵巢内膜异位囊肿患者。具体手术有保留生育功能的手术，保留卵巢功能的手术以及根治性手术。
