胆管结石的治疗和结石的大小、结石在胆管所在的位置密切相关。对于肝外的胆管结石，如果有胆绞痛，胆源性胰腺炎，急性胆管炎，黄疸等临床表现，要进行手术治疗。如果出现急性重症胆管炎，则需要急诊手术。手术方法有传统的开腹胆总管切开取石术和微创的腹腔镜、胆道镜联合十二指肠镜的胆总管微创取石术。对于肝内的胆管结石，如果是孤立的结石，胆管没有扩张，可以观察。如果出现胆管炎或者是肝组织出现了纤维化也需要手术治疗。手术方法有切开取石术、胆道镜取石术、部分肝脏切除，严重的甚至要进行肝脏移植术。
