肛瘘手术住院时间取决于病情的严重程度，手术方式，管理方法。
肛瘘分为单纯低位性肛瘘和高位复杂性的肛瘘。如果是单纯低位性的肛瘘，这种手术创伤比较小，恢复起来也比较快，可能需要住院1-7天的时间。最短住院1日，按日间手术管理。但是如果是高位复杂性的肛瘘，为保留肛门括约肌，可能行肛瘘挂线术，这种手术伤口的位置比较深，而且愈合的速度比较慢，还可能需后期处理挂线，所以需要住院的时间会长一些，可能需要2-3周时间。
肛瘘手术以后应该要注意局部的卫生清洁，另外要注意定期的换药，避免出现感染的情况，在饮食方面应该要多吃一些清淡温和容易消化的食物，避免大便干燥。肛瘘术后愈合时间较长，容易复发，出院后仍需定期门诊复诊。
