肛瘘术后有一定的复发率。肛瘘是否会复发，主要取决于肛瘘的分型和复杂程度、病因有没有及时去除及有没有得到及时有效的治疗。
对于简单低位肛瘘，一般手术治疗后效果较好，很少复发，但是有可能其他部位感染形成新发的肛瘘，就像身体长个小肿块，切除后其他部位还有可能再长，这和第一次手术是没有关联的。
而对于高位、复杂的肛瘘，可能存在多个肛瘘内口和多根肛瘘瘘管，这时手术难度就会增加，术后管理也难度增加，复发几率也增加。又或者造成肛瘘的病因没有去除，比如炎性肠病合并肛瘘的患者，肛瘘手术了，但炎性肠病没有控制，肛瘘就更容易复发了。
